A eCOMEX foi a primeira empresa no Brasil a integrar um aplicativo de gestão de comércio exterior aos principais ERPs do mercado; com Oracle EBS (em 1993) e com o alemão SAP (em 1996). Atualmente, os aplicativos já estão integrados com outros ERPs de igual importância, como JDEdwards, Peoplesoft e BAAN, além de manterem interfaces abertas capazes de integrá-los com quaisquer softwares corporativos disponíveis.